Bekanntestes Produkt ist EM (Effektive Mikroorganismen), das durch Prof. Teruo Higa von der Universität von Okinawa erfunden wurde. Danach führt die Zugabe von EM zu einer Ertragssteigerung bei Senf und Rettich sowie zu einer Steigerung des Bodenlebens und einer Erhöhung des Humusgehaltes. Organische Materialien (in diesem Experiment Holzhackschnitzel und zerkleinerte Fingerhirse; Digitaria ascendens) werden schneller abgebaut und die darin enthaltenen Nährstoffe schneller der Folgefrucht zur Verfügung gestellt; das betrifft aber nur die leichtlöslichen Bestandteile, nicht jedoch die Zellulose und das Lignin.EM  besteht zu 90 % aus Milchsäurebakterien (Lactobacillus casei; L. plantarum; L. fermentum; L. delbrueckii). Das photo­trophe Bakterium Rhodopseudomonas palustris ist ebenfalls Bestandteil der Effektiven Mikroorganismen ist. Es ist in der Lage Kohlenwasserstoffe, u.a. auch aromatische Kohlen­wasserstoffe, abzubauen. Bacillus subtilis ist ein weiterer Bestandteil von EM. Besonders beeindruckend war die Steigerung des Mikroorganismengehaltes im Boden durch EM. Pilze vervierfachten sich; Milchsäurebakterien, aerobe Bakterien und Aktinomyceten verdoppelten sich, das heißt durch eine Art werden die anderen Teilnehmer am Bodenleben gefördert.

Milchsäurebakterien eignen sich zur Kontrolle von Schadpilzen im Boden. Das zeigt eine Untersuchung an der schweizerischen Forschungsanstalt Agroscope in Wädenswil. Die Milchsäurebakterien wurden aus Bodenproben gewonnen. Schaderreger war Pythium ultimum an Gurken bzw. Tomaten. Die Tests zeigten, dass sich die Keimung um über 50% und das Doppelte erhöhte.

Eine japanische Studie stellte die Wirksamkeit von Mikrokapseln, die mit Lactobacillen (LAB) gefüllt waren, gegen Wurzelgallennematoden unter Beweis.

Ägyptische Wissenschaftler der Abteilung für Biotechnologie am Nationalen Forschungsinstituts in Kairo testeten Milchsäurebakterien gegen die im Land verbreiteten Schadpilze Fusarium oxisporum (an Tomaten bzw. Baumwolle), Rhizoctonia solani (an Tomaten bzw. Lupinen) und Sclerotium rolfsii (an Zwiebeln) auch unter Praxisbedingungen. Dank der guten Resultate erhoffen die Wissenschaftler, den Einsatz von Fungiziden verringern zu können. Außerdem wiesen sie einen wachstumsfördernden Effekt nach. Es gab aber Unterschiede zwischen den verschiedenen Isolaten.

In 68 Bodenproben aus Japan und Taiwan wurden 32 verschiedenen LAB-Arten gefunden; es gibt fünf Familien Lactobacillus, Lactococcus, Enterococcus, Leuconostoc und Weissella. Die Besiedlung mit den unterschiedlichen Arten hängt stark von der Fruchtart ab, an deren Wurzeln die LABs siedeln.

Bei Fleischproben wurden 94 LAB-Stämme isoliert. Die Untersuchung an der Abteilung für Mikrobiologie der schwedischen Universität Lund stellte fest, dass Fleisch und Fleischprodukte hauptsächlich mit Lactobazillen besiedelt sind.

In einer tunesischen Studie an Olivenbäumen wurden sogar 119 Arten gefunden. Darunter befanden sich drei, die eine gezielte antibakterielle Wirkung aufwiesen. Ein großer Teil wirkte gegen Botrytis cinerea; einige wenige Isolate gegen Verticillium dahliae.

Eine iranische Untersuchung hat nachgewiesen, dass Lactobacillus plantarum in der Lage ist, den Abbau der beiden Pflanzenschutzmittel Malathion und Diazinon zu beschleunigen.

Eine Untersuchung von L.S. van Overbeek an der Universität Wageningen aus dem Jahr 2007 hat die Annahme von Hans-Peter Rusch, dem Gründer des biologischen Landbaus, nicht bestätigt, dass in biologisch bewirtschafteten Böden mehr Milchsäurebakterien vorhanden sind. In der Studie hat van Overbeek aber die wachstumsfördernde bzw. krankheitsunterdrückende Wirkung von LABs bestätigt. Die Untersuchung fand auf 15 Biobetrieben in Flandern statt.

Milchsäurebakterien lassen sich sehr einfach vermehren. Erster Schritt ist die Wässerung von Naturreis; das Wasser lässt man ein bis zwei Tage stehen und gießt es dann in Milch im Verhältnis 1 zu 10. Die Mischung auf keinen Fall kalt stellen. Danach den Überstand abgießen und mit braunem Zucker im Verhältnis 1 : 1 mischen. Diese Mischung bleibt für mehrere Monate erhalten, so die Erfahrungen aus Südkorea bzw. Japan. Man kann aber auch Yoghurt-Bakterien oder EM beziehen bzw. zur Vermehrung Melasse nehmen. Die Milchsäure hat eine sterilisierende Wirkung; einzelne LAB- Stämme sind aber auch in der Lage – wie weiter oben beschrieben – Krankheitserreger zu bekämpfen.

Es gibt aber auch Patentansprüche auf Düngemittel, die mit Lactobacillen sowie anderen Bakterienpräparaten versetzt sind; diese Düngemittel sind als Bio-Stimulantien (enhanced fertilizers) bekannt. Genannt werden in dem einen Fall Lactobacillus acidophilus, Streptococcus lactis, Streptococcus cremoris, Streptococcus diacetylactis, Streptococcus thermophilus, Leuconostoc cremoris, Leuconostoc diacetylactis, Bifidobacterium lactis und Bifidobacterium brevis.

Eines wird aus den vielen Beiträgen deutlich: Die Milchsäurebakterien sind in der Lage, die Bodenflora positiv zu beeinflussen; dazu sind bereits viele Biostimulantien auf dem Markt, die LABs enthalten. Ohne die richtige Einstellung der Nährstoffverhältnisse im Boden dürfte deren Wirksamkeit nur begrenzt sein, zumal auch die Mikroorganismen im Boden Nährstoffansprüche haben. Außerdem gilt es, Bewirtschaftungsfehler zu vermeiden, z.B. die Bearbeitung von nassem Boden.

Bedenkenswert ist auch die Beschäftigung mit Silagesickersäften, die bislang ein sehr negatives Image besitzen, vor allem in Bezug auf den Gewässerschutz. Tatsache ist aber, dass sie außer hohen Nährstoffkonzentrationen sowie organischen Säuren auch hohe Konzentration an Milchsäurebakterien enthalten und sich daher als biologischer Dünger eignen, vor allem auf Ackerböden mit einem hohen pH-Wert. Im Boden werden die Sickersäfte rasch abgebaut. Die LfL Bayern empfiehlt die Ausbringung von 20 bis 30 cbm/ha. Problematisch können die relativ hohen Kali- und Chlorid-Werte sein (3 bis 7 kg je cbm). Die N- und P-Werte liegen deutlich niedriger (1.5 bzw. 0.3 kg/cbm). In den meisten Fällen werden die Silosickersäfte in die Güllegruben eingeleitet. In den Empfehlungen der LfL Bayern wird auf die positive Wirkung der im Sickersaft enthaltenen Milchsäurebakterien nicht eingegangen.

Für Professor Paul C. Struik von der Universität Wageningen setzt sich Bodengesundheit aus physikalischer, chemischer und biologischer Fruchtbarkeit zusammen. Zum Aufbau eines „krankheitsunterdrückenden“ Bodens empfiehlt er den Einsatz organischer Düngemittel, von Zwischenfruchtmischungen, von Fangpflanzen und die Förderung der Biodiversität im Boden durch den Einsatz von Biostimulantien.